网络安全
windows
husky
ide
位运算
特此声明
flink 最后一个窗口
镜像复制
go
动态库
httpClient
Cadence Allegro
开题报告
dsp开发
贝叶斯网络
php桶装水配送系统
sentinel
表示范围
matlab入门教程
亿图图示
组学
2024/4/12 19:28:29
Nature methods|新型微生物富集方法，可有效解决高宿主污染样本问题
在科研实验中，许多关键的样本都存在高水平的宿主污染问题，例如肿瘤组织、血液和皮肤拭子等。即使宏基因组技术可以检测这些样本，也可能出现实验结果中超过90%的测序数据来源于宿主的情况，通常需要额外的数据来分析微生物信息&…
又双叒叕！五大数据库全方位注释，抗性宏基因组分析项目再次升级！
基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大数据库全面注释分析，一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。 项目报告不仅包含抗性基因的多样性、丰度和分布模式，还能获得包括抗性组变化驱动因素、指示基因识别、抗性组…
凌恩生物美文分享|转录组研究利器——三代全长转录组测序(Iso-Seq)
近年来，随着高通量测序技术的发展，转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。我们知道，很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“一基因一转录本”的模式，这些基因往往存在多种剪切形式。通…
IF= 13.4| 当eDNA遇上机器学习法
近日，凌恩生物客户重庆医科大学在《Water Research》（IF 13.4）发表研究论文“Supervised machine learning improves general applicability of eDNA metabarcoding for reservoir health monitoring”。该研究主要介绍了一种基于eDNA的机器学…
凌恩生物美文分享|好看又实用，多组学联合分析项目大揭秘！
基因层面的功能潜能有没有真的实现表达，表达量是高是低？下游合成的蛋白质行使了什么样得功能，代谢产物通过体循环到达靶器官，又是如何影响靶器官的工作运行的？
一个完整的生物学故事，中心法则贯穿始终&…
R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程
原文链接：R语言绘制桑基图教程
写在前面
在昨天3月10日，我们在知乎、B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接：NC|高颜值功能富集桑基气泡图，桑基气泡组合图。 确实，目前这个图在文章中出现的频率相对比较…
HMDD 4.0：miRNA-疾病关系数据库
拥有多项自主专利技
术和软件著作权，具
有丰富的数据库平台
搭建经验。 凌恩-盈飞团队
MicroRNA（miRNA）是一类重要的小非编码RNA，在疾病诊断和治疗中发挥着重要作用。人类 MicroRNA 疾病数据库 (HMDD) 为 miRNA 相关医学提供了…
DRESIS：全球首个综合耐药性数据库
耐药性已成为全球卫生保健的关键问题。目前已有的耐药相关数据库大都是针对某些疾病。本研究建立一个数据库DRESIS，全面描述具有耐药性的疾病和所有类型的耐药机制。公开访问网址：https://idrblab.org/dresis/ 01、ADTT:药物治疗靶点的变异;
02、IDUE:药…
回顾2023，自己做了啥呢 | R语言绘图
2023年总结
2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?
12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔…
多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制
生物学是一种复杂的学科，往往单一组学无法探究想要了解的生物学问题，这时就要运用到多组学联合分析。近年来，多组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学和代谢组学联合起来。16s全长扩增子测序可提供细菌构…
液滴微流控，助力国人单细胞
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术已经成为揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及揭示组织/器官/生物体内不同细胞类型的组成和功能的最先进的方法。迄今为止，单细胞RNA测序技术已经在动植物等真核细胞中取得了许多重要的发现…
相关性网络图 |显著性标记
一边学习，一边总结，一边分享！
本期教程 写在前面
此图是一位同学看到后，想出的一期教程。
最近，自己的事情比较多，会无暇顾及社群和公众号教程。
1 安装和加载相关的R包
library(ggraph)
library(tidy…
18G大小的R包 | 将你需要的R包全部下载
写在前面
在上周，我们在社群讨论。安装R包是个玄学”有时候真的很奇怪，在自己的电脑上就是无法安装，但是在其他电脑都可以正常安装…，不是感到很无语？？？？没有办法，类似的…
真菌基因组研究高分策略（二）：比较基因组揭示寄主外生菌根真菌基因组的动态进化
在表征外生菌根（ECM）真菌的“共生工具包”方面的研究已经取得了重大进展，但宿主特异性如何被编码到ECM真菌基因组中仍知之甚少。2021年发表于《New Phytologist》期刊的文章对ECM真菌宿主特异性和通用性进行了比较基因组分析，重点…
宏基因组分析项目再创新，汞元素循环
汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞…
2023年教程汇总 | 《小杜的生信笔记》
2023年总结
2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?
12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔…
宏基因组分析项目又双叒叕出新了！期盼已久的铁循环来了！！
铁是地球上几乎所有生命的微量营养素。它可以被铁氧化和铁还原微生物用作电子供体和电子受体，并用于多种生物过程，包括光合作用和呼吸作用。虽然铁是地壳中含量第四丰富的金属，但在有毒环境中，铁的生长往往受到限制，因…
宏转录组分析揭示不同土壤生境中氮循环基因的表达
发表期刊：msystems 发表时间：2023 影响因子：6.4 DOI: 10.1128/msystems.00315-23
01、研究背景
与空白土壤相比，植物根系和根际细菌之间的相互作用调节了氮（N）的循环过程，并创造了富含低分…
凌恩生物美文分享 | Nature教你如何深入开展植物基因组研究，看这篇绝对够！
自三代测序技术面世以来，基因组的相关研究迈上了一个新台阶，无论是完整性、连续性、准确性较二代测序技术组装基因组均有较大的提升。凌恩生物也紧随前沿，整合多种优势技术及信息分析平台，涵盖Illumina，Pacbio等多种测…
8月客户文章盘点——累计IF 168.4，平均IF 8.42
客户文章一览 凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验ÿ…
凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物，为中国科研注入国人力量！
金秋十月，丹桂飘香。 凌恩生物又添新设备，成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova单细胞解决方案，构建凌恩单细胞组学产线，这一产品线的构建，将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围ÿ…
凌恩生物文献分享｜一株细菌完成图也能发一区10分+！
期刊：Science of the Total Environment
影响因子：10.753
发表时间：2022
样本类型：Bosea sp. Ads-6菌株
客户单位：中国科学院微生物研究所
一、研究背景
环境中抗生素残留和耐药性的增加引发了许多…
凌恩生物文献分享|微刊：三代全长16s扩增子——环境多样性研究的明星
在微生物研究领域，PacBio三代全长的时代已经来临，如果你还没用过那就太可惜了！
要问三代有什么好，那我可得说道说道。
相比于传统二代Illumina平台测序，PacBio Sequel lle 平台获得的序列更长，信息量更多…
万份水稻样本，挖掘罕见变异
水稻作为全球最重要的粮食作物之一，为全球一半以上的人口提供食物。自然变异是基因改良和现代育种的重要遗传基础，广泛挖掘水稻种质群体中的变异具有重要意义，近年来，科学家们更多关注大规模群体中的稀有变异。
2023年10月&#…
凌恩生物文献分享 | 16S全长扩增子+代谢组/转录组多组学！高分paper的绝佳拍档！
16S全长扩增子联合代谢组/转录组多组学研究，是目前微生态研究趋势。单一研究方法较难发表高水平文章，多组学关联研究逐渐成为“快速”发表高分paper的绝佳拍档！
小编精心挑选了3篇医学微生态研究的高分文章，希望能帮助大家激发科…
植物单细胞转录组 | 杨树初生生长和次生生长中形成层细胞分化的分子轨迹
杨树初生生长和次生生长的形成层具有相同的生物特性，但在次生生长过程中，导管束形成层的细胞分裂和分化与顶端分生组织的细胞分裂和分化存在很多差异。单细胞转录组为有序地解析树木茎干生长过程中细胞水平的分子活动提供了有力工具。 近期，发…
9月客户文章盘点——累计IF 103.2
客户文章一览
凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验…
真菌基因组研究高分策略（一）：比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源
真菌是陆地和水生生态系统的重要组分，在有机质循环和跨营养级养分流通等过程中发挥着重要作用。随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力…
Nature子刊最新研究：Hi-C宏基因组揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用
土壤中有大量的噬菌体。然而，大多数宿主未知，无法获得其基因组特征。2023年11月23日，最新发表于《Nature communications》期刊题为“Hi-C metagenome sequencing reveals soil phage–host interactions”的文章，通过高通量染色体…
群辉中使用Hyper Backup备份数据及套件教程
写在前面
我在去年花费1千多元资金组了一台NAS，容量为4T，阵列为raid 1。**我感觉这是去年做的最有意义的事情！**为什么这么说呢？在11月中旬，我的M.2的硬盘突然间崩掉了，就是的那种莫名其妙的。事情的发展经…
产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题
微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。但是，我们基于分离培养等方法获得单菌落，针对单菌开展基因组、…
凌恩全新育种分析流程！助力种质资源高分文章发表！
种质资源又称遗传资源。种质是指生物体亲代传递给子代的遗传物质，它往往存在于特定品种之中。如古老的地方品种、新培育的推广品种、重要的遗传材料，野生近缘植物以及利用上述繁殖材料创造的各种遗传材料，都属于种质资源的范围，是…
知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？
作为肉食动物却喜欢吃竹子的国宝大熊猫，但是自身缺乏可以编码消化纤维素所需的酶，因此推测其肠道微生物群与纤维竹饮食有关。然而它们的具体作用仍然未知。
实验设计思路：
01、IlluminaNanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生…
是真的吗？Nuture子刊告诉你这么多年的微生物组经验都是错的？！
发表期刊：Nature Microbiology
发表时间：2023
影响因子：28.3
DOI: 10.1038/s41564-023-01426-7 在过去的二十年里，人们对人类微生物组研究的兴趣呈指数级增长，同时伴随而来的一系列相关研究的文献发表数目也是逐年递…
植物单细胞核转录组测序——单细胞研究高能新爆发点
导语
单细胞转录组
表达谱—》 转录组—》 单细胞转录组，伴随着人们对基因表达研究的精细化要求，新的技术发展也层出不穷，与常规的转录组测序相比，单细胞转录组测序可以精准获得每个细胞的表达谱特征，对明确组织样本…